คู่เบส (อังกฤษ: base pair ตัวย่อ bp) เป็นหน่วยพื้นฐานของกรดนิวคลีอิกสายคู่ซึ่งประกอบด้วยลำดับนิวคลีโอเบสอันเชื่อมกับกันและกันด้วยพันธะไฮโดรเจนเป็นหน่วยโครงสร้างของเกลียวคู่กรดนิวคลีอิก มีส่วนให้เกิดโครงสร้างพับของดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอเพราะมีรูปแบบพันธะไฮโดรเจนที่แน่นอน คู่เบสแบบ "วัตสัน-คริก" คือ guanine-cytosine และ adenine-thymine[1]จึงทำให้ดีเอ็นเอดำรงรูปทรงเป็นเกลียวได้อย่างต่อเนื่องโดยอาศัยลำดับนิวคลีโอไทด์ของมัน[2]ลักษณะการจับคู่ของเบส (complementary) จึงทำให้รหัสพันธุกรรมมีสำเนาเป็นสายคู่ดีเอ็นเอโครงสร้างที่สม่ำเสมอกับความซ้ำซ้อนของข้อมูลพันธุกรรมที่มีอยู่ในคู่เกลียวดีเอ็นเอ จึงทำให้ดีเอ็นเอเหมาะในการเก็บข้อมูลพันธุกรรม อนึ่ง การจับคู่ระหว่างสายดีเอ็นเอกับนิวคลีโอไทด์ที่นำเข้ามาใหม่ก็เป็นกลไกให้เอนไซม์ "ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส" ถ่ายแบบดีเอ็นเอได้ และให้เอนไซม์ "อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส" ถอดรหัสดีเอ็นเอเป็นอาร์เอ็นเอได้